5228 sayılı Kanun’un 28ve 31. maddeleri ile 193 sayılı Gelir Vergisi Kanunu ve 5422 sayılı eski Kurumlar Vergisi Kanunlarında yapılan değişiklikle Gelir Vergisi ve Kurumlar Vergisi mükelleflerine işletmeleri bünyesinde gerçekleştirdikleri münhasıran yeni teknoloji ve bilgi arayışına yönelik  araştırma ve geliştirme harcamaları üzerinden hesaplanacak Ar-Ge indiriminden faydalanma imkanı getirilmiştir. 5422 sayılı Kurumlar Vergisi Kanunu 5520 sayılı yeni Kurumlar Vergisi Kanunun 21.06 2006 tarihinde Resmi Gazete’de yayımlanması ile yürürlükten kaldırılmış olmakla birlikte Ar-Ge indirimi ile ilgili esaslar yeni kanunda da devam ettirilmiştir.
 
Bu değişiklikten önce kurumlar ve gelir mükelleflerinin Ar-Ge harcamalarının teşviki amacıyla vergi erteleme uygulaması mevcuttu. Bu uygulamaya göre gelir ve kurumlar vergisi mükelleflerinin ödeyecekleri kurumlar vergisinin % 20’ si (Mükelleflerin kendi bünyelerinde yaptıkları Ar-Ge harcamalarının tutarını geçmemek üzere) faizsiz olarak üç yıl süreyle ertelenmekte ve ertelenen kurumlar vergisi bu üç yıllık süre zarfında gelir ve kurumlar vergisinin ödenme süreleri içinde eşit taksitler halinde ödenmekteydi.
 
Yeni uygulama ile birlikte mükelleflerin yapmış oldukları Ar-Ge harcamalarının % 40’ ını kurumlar vergisi matrahlarından indirme imkanı sağlanmış ve yeni uygulama daha avantajlı hale getirilmiştir. Konuyla ilgili usul ve esaslar aşağıdaki gibidir.
 
I.İlgili Mevzuat
 
a) Gelir Vergisi Kanunu
 
5228 sayılı kanun 28 maddesiyle değiştirilen Gelir Vergisi Kanunu’nun 89. maddesinin 9 numaralı bendi ise aşağıdaki gibidir:
 
“ Mükelleflerin, işletmeleri bünyesinde gerçekleştirdikleri münhasıran yeni teknoloji ve bilgi arayışına yönelik araştırma ve geliştirme harcamaları tutarının % 40’ı oranında hesaplanacak “Ar-Ge indirimi”.
Araştırma ve geliştirme faaliyetleri ile doğrudan ilişkili olmayan giderlerden ve tamamen araştırma ve geliştirme faaliyetlerinde kullanılmayan amortismana tabi iktisadi kıymetler için hesaplanan amortisman tutarlarından verilen paylar üzerinden Ar-Ge indirimi hesaplanmaz. Ar-Ge indiriminden yararlanılacak harcamaların kapsamı ile uygulamadan yararlanılabilmesi için gerekli belgeleri ve usulleri belirlemeye Maliye Bakanlığı yetkilidir.”
 
b) 5422 Sayılı Kurumlar Vergisi Kanunu (01.01.2006 tarihinden geçerli olmak üzere yürürlükten kalkmıştır)
 
Yine 5228 sayılı kanunun 31. maddesiyle 5422 sayılı Kurumlar Vergisi Kanunun 14 üncü maddesinin birinci fıkrasının (6) numaralı bendi aşağıdaki şekilde değiştirilmiştir:
 
“6. Mükelleflerin, işletmeleri bünyesinde gerçekleştirdikleri münhasıran yeni teknoloji ve bilgi arayışına yönelik Araştırma ve geliştirme harcamaları tutarının % 40'ı oranında hesaplanacak “Ar-Ge indirimi”.
Araştırma ve geliştirme faaliyetleri ile doğrudan ilişkili olmayan giderlerden ve tamamen Araştırma ve geliştirme faaliyetlerinde kullanılmayan amortismana tâbi iktisadî kıymetler için hesaplanan amortisman tutarlarından verilen paylar üzerinden Ar-Ge indirimi hesaplanmaz. Ar-Ge indiriminden yararlanılacak harcamaların kapsamını ve uygulamadan yararlanılabilmesi için gerekli belgeler ile usulleri belirlemeye Maliye Bakanlığı yetkilidir.”
 
c) 5520 Sayılı Kurumlar Vergisi Kanunu (01.01.2006 tarihinden geçeli olmak üzere yürürlüğe girmiştir)
 
5520 sayılı yeni Kurumlar Vergisi Kanunun 21.06.2006 tarihinde Resmi Gazete’de yayımlanması ile 5422 sayılı Kurumlar Vergisi Kanunun yürürlükten kaldırılmış olmakla birlikte Ar-Ge indirimi yeni Kurumlar Vergisi Kanununun 10.maddesi 1. fıkrarının (a) bendinde aşağıdaki şekilde düzenlenmiştir.
 
“(a) Mükelleflerin, işletmeleri bünyesinde gerçekleştirdikleri münhasıran yeni teknoloji ve bilgi arayışına yönelik araştırma ve geliştirme harcamaları tutarının % 40'ı oranında hesaplanacak "Ar-Ge indirimi".
Araştırma ve geliştirme faaliyetleri ile doğrudan ilişkili olmayan giderlerden ve tamamen araştırma ve geliştirme faaliyetlerinde kullanılmayan amortismana tâbi iktisadî kıymetler için hesaplanan amortisman tutarlarından verilen paylar üzerinden Ar-Ge indirimi hesaplanmaz. Matrahın yetersiz olması nedeniyle ilgili dönemde indirim konusu yapılamayan tutar, sonraki hesap dönemlerine devreder. Ar-Ge indiriminden yararlanılacak harcamaların kapsamını ve uygulamadan yararlanılabilmesi için gerekli belgeler ile usûlleri belirlemeye Maliye Bakanlığı yetkilidir.”
 
Kanun maddelerinden anlaşılacağı üzere eski Kurumlar Vergisi Kanunundaki Ar-Ge indirimi ile ilgili düzenleme yeni Kurumlar Vergisi Kanununda da aynen davam ettirilmiş, ilave olarak yeni kanunda mükelleflere ilgili dönemde matrah yetersizliği nedeniyle faydalanılamayan Ar-Ge indirimi tutarını sonraki dönemlere devredebilme olanağı getirilmiştir. Eski kurumlar vergisi kanununa göre Ar-Ge indirimi kazanç bulunması şartına bağlı bulunmaktaydı ve matrah yetersizliği nedeniyle kullanılamayan Ar-Ge indirimi tutarının sonraki dönemlere devretmesi söz konusu değildi. Bu çerçevede, 2004 ve 2005 yıllarında ilgili mevzuat çerçevesinde yapılan Ar-Ge faaliyetleri nedeniyle hesaplanan ve matrah yetersizliği nedeniyle kullanılamayan Ar-Ge indirimi tutarlarının sonraki yıllara devretme imkanı yok iken 2006 ve sonraki yıllarda hesaplanan ve Matrah yetersizliği nedeniyle kullanılamayan Ar-Ge indirimi tutarları takip eden yıllarda matrahın yeterli olması durumunda indirim konusu edilebilecektir.
 
“Ar-Ge İndirimi” uygulamasına ilişkin usul ve esaslar 86 seri no’lu Kurumlar Vergisi Genel Tebliğiyle belirlenmiş bulunmaktadır. Eski kanun ve yeni kanun maddesindeki düzenlemeler birbirine paralel olduğundan söz konusu tebliğdeki usul ve esaslar yeni Kurumlar Vergisi uygulaması açısından da geçerli olacaktır.
 
II. Ar-Ge  Faaliyeti
 
86 seri no’lu Kurumlar Vergisi Genel Tebliği’ne göre Ar-Ge İndirimi kapsamına girecek Ar-Ge faaliyetlerinin aşağıdaki amaçlara yönelik olması gerekmektedir;
 
1- Bilimsel ve teknolojik alanlardaki belirsizlikleri gidermek ve bunları aydınlatmak amacıyla, bilim ve teknolojinin gelişmesini sağlayacak yeni teknik bilgilerin elde edilmesi,
 
2- Yeni üretim yöntem, süreç ve işlemlerinin araştırılması veya geliştirilmesi,
 
3- Yeni ürünler, madde ve malzemeler, araçlar, gereçler, işlemler, sistemler geliştirilmesine yönelik olarak yeni yöntemler geliştirilmesi veya yeni teknikler üretilmesi,
 
4- Bir ürünün maliyetini düşürücü, kalite, standart veya performansını yükseltici yeni tekniklerin / teknolojilerin araştırılması,
 
5- Yeni ve özgün tasarıma dayanan yazılım faaliyetleri,
 
Aşağıdaki harcamalar ise Ar-Ge indirimine konu edilmeyecektir.
 
1- Pazar araştırması yada satış promosyonu,
 
2- Kalite kontrol,
 
3- Sosyal bilimlerdeki araştırmalar,
 
4- Petrol, doğalgaz, maden rezervleri arama ve sondaj faaliyetleri,
 
5- İcat edilmiş yada mevcut geliştirilmiş süreçlerin kullanımı,
 
6- Biçimsel değişiklikler,
 
7- Bilimsel ve teknolojik yenilik doğurmayan rutin faaliyetler (rutin veri toplama, rutin analizler için kullanılan program, yazılım vs., üretilen prototiplerin rutin ayarlamaları),
 
8- İlk kuruluş aşamasında kuruluş ve örgütlenmeyle ilgili araştırma giderleri,
 
9- Proje sonucunda geliştirilen ürüne ilişkin fikri mülkiyet haklarının korunmasına yönelik çalışmalar,
 
10- Numune verilmek amacıyla prototiplerden kopyalar çıkarılıp dağıtılması ve reklam amaçlı tüketici testleri,
 
Ar-Ge faaliyeti, esas itibariyle denemelerin son bulduğu, ilk üretimin yapıldığı aşamada sona erer. Ar-Ge projesi neticesinde elde edilen ürünün pazarlanabilir aşamaya geldiği andan itibaren Ar-Ge projesi bitmiş sayılır. Bu tarihten sonra yapılan harcamalar Ar-Ge harcaması kapsamında değerlendirilmez Tamamlanan bir proje sonucunda elde edilen ürünün geliştirilmesi amacıyla yapılacak çalışmalar, yeni Ar-Ge projesi olarak değerlendirilir. Nihai ürünün oluşturulması aşamasında elde edilen ürünlerin kullanılabilirliğini ölçmek ve gerektiğinde değişiklik yapılmak üzere işletme içinde veya dışında test edilmesi amacıyla yapılan harcamalar Ar-Ge faaliyeti kapsamındadır. Ancak, ticari üretimin planlanması ve seri üretim sürecine ilişkin harcamalarla, ürünün tanıtılması amacıyla üretilip dağıtılan numuneler için yapılan harcamalar Ar-Ge faaliyeti kapsamı dışındadır.
 
Yukarıda Ar-Ge faaliyeti kapsamındaki amaçlar dışında , mevcut teknolojinin kullanılması ile elde edilen, şekil ve estetiğe yönelik değişiklikler de Ar-Ge faaliyeti kapsamı dışındadır
 
III. Ar-Ge İndiriminden Yararlanacak Harcamalar
 
Aşağıdaki harcamalar Ar-Ge indirimine konu edilebilecektir.
 
İlk Madde ve Malzeme Giderleri: Her türlü direkt ilk madde, yardımcı madde, işletme malzemesi, ara mamul, yedek parça ve benzeri giderleri ile amortisman uygulamasına konu olmayan maddi ve gayri maddi kıymet iktisaplarına ilişkin giderleri kapsar. Hammadde ve diğer malzeme stoklarından Ar-Ge faaliyetlerinde fiilen kullanılan kısma ilişkin maliyetler Ar-Ge harcaması kapsamındadır. Bu nedenle, henüz Ar-Ge faaliyetlerinde kullanılmamış olan hammadde ve diğer malzemelere ilişkin maliyetler tutarlarının stok hesabında, kullanılan, satılan yada elden çıkarılanların da stok hesabından mahsup edilmek suretiyle izlenmesi gerekmektedir.
 
Personel Giderleri: Ar-Ge faaliyetlerinin yürütülmesi amacıyla çalıştırılan ve faaliyetin gerektirdiği nitelikte personel ile ilgili olarak tahakkuk ettirilen ücretler ile bu mahiyetteki giderlerdir.
 
İşletmenin Ar-Ge departmanında çalıştırılan hizmetliler ve benzeri vasıfsız personel ile Ar-Ge departmanına tahsis edilmemiş olup günün bir kısmında Ar-Ge departmanında çalışan personele ödenen ücretler bu kapsamda değerlendirilmeyecektir.
 
Genel Giderler: Ar-Ge faaliyetlerini yürütmek amacıyla elektrik, su, gaz, bakım - onarım, haberleşme, nakliye ile Ar-Ge faaliyetlerinde kullanılan makine ve teçhizata ilişkin bakım ve onarım giderleri gibi Ar-Ge faaliyetinin devamlılığını sağlamak için katlanılan diğer giderleri kapsar. Sigorta giderleri, Ar-Ge faaliyetlerinin bizzat yürütülmesi amacıyla kullanılan tesis için ödenen kira giderleri ile kitap, dergi ve benzeri bilimsel yayınlara ait giderler bu kapsamdadır.
 
Bu giderlerin, Ar-Ge harcaması olarak değerlendirilebilmesi için, Ar-Ge departmanında fiilen kullanıldığının tespit ve tevsik edilmesi gerekmektedir. Çeşitli kıstaslara göre genel işletme giderleri üzerinden hesaplanacak paylar bu kapsamda değerlendirilmeyecektir.
 
Dışarıdan Sağlanan Fayda ve Hizmetler : Normal bakım ve onarım giderleri dışında Ar-Ge faaliyetleriyle ile ilgili olarak işletme dışında yerli veya yabancı diğer kurum ve kuruluşlardan mesleki veya teknik destek alınması veya bunlara yaptırılan analizlerle ilgili olarak yapılan ödemelerle, bu mahiyetteki diğer ödemelerdir.
 
Vergi, Resim ve Harçlar : Doğrudan Ar-Ge faaliyetlerine ilişkin olan ve gelir veya kurumlar vergisi matrahının tespitinde gider olarak dikkate alınan ayni vergi, resim ve harçları kapsar. Doğrudan Ar-Ge faaliyetlerinin yürütüldüğü gayrimenkuller için ödenen vergiler, Ar-Ge projesinde kullanılmak üzere ithal edilen mallarla ilgili gümrük vergileri ile benzeri vergi, resim ve harçlar bu kapsamdadır.
 
Amortisman ve Tükenme Payları: Doğrudan Ar-Ge faaliyetlerinde kullanılan bina, makine-tesis ve cihazlar, taşıtlar, döşeme ve demirbaş gibi maddi ve maddi olmayan duran varlıklar için ayrılan amortisman ve tükenme paylarından oluşur. Ar-Ge faaliyetleri dışında diğer faaliyetlere tahsis edilen sabit kıymetlere ilişkin olarak ayrılan amortismanlar da Ar-Ge harcaması kapsamında bulunmamaktadır.
 
Diğer taraftan, iktisadi kıymetin münhasıran Ar-Ge faaliyetlerinde kullanılması ve bu kullanımın sürekli olması gerekmektedir. Ar-Ge departmanı dışında başka faaliyetlerde de kullanılan iktisadi kıymetlere ilişkin amortismanlar Ar-Ge harcaması kapsamında bulunmamaktadır.
 
Finansman Giderleri: Ar-Ge projesi bazında yerli, yabancı ve uluslararası kurumlardan temin edilen kredilere ilişkin finansman giderleridir.
 
IV. Ar-Ge İndiriminin Uygulanması:
 
Mükellefler yukarıda açıklanan Ar-Ge faaliyetleri kapsamında yaptıkları Ar-Ge harcamalarının % 40’ını Ar-Ge indirimi olarak beyanname üzerinde kazançtan indirebileceklerdir. Ar-Ge indiriminden, Ar-Ge faaliyetine başlandığı andan itibaren hem geçici vergi beyanlarında hem de yıllık beyanlarda faydalanılabilecektir . Hesaplanan Ar-Ge indirimi tutarı, kurumlar vergisi mükellefleri tarafından yıllık kurumlar vergisi beyannamesinde “Zarar Olsa Dahi İndirilecek İstisna ve İndirimler” bölümünün ilgili satırına, gelir vergisi mükellefleri tarafından yıllık gelir vergisi beyannamesinde “Gelir Bildirimi” bölümünün ilgili satırına, geçici vergi beyannamesinde ise; kurumlar vergisi mükellefleri tarafından “Matrah Bildirimi” bölümünün ilgili satırına, gelir vergisi mükellefleri tarafından aynı bölümün ilgili satırına yazılarak kazançtan indirilecektir.
 
Alanında uzman kuruluşlarca hazırlanan “Ar-Ge Projesi Değerlendirme Raporunun” olumsuz olması halinde, Ar-Ge indirimi dolayısıyla eksik ödenen vergilerle ilgili olarak gerekli tarhiyat yapılacaktır.
 
Mükelleflerin Ar-Ge projesi kapsamındaki harcamalarını, işletmenin diğer faaliyetlerine ilişkin harcamalarından ayırarak, Ar-Ge indiriminin doğru hesaplanmasına imkan verecek şekilde muhasebeleştirmeleri gerekmektedir.
 
V. Mükelleflerden İstenecek Belgeler
 
Ar-Ge indiriminden yararlanmak isteyen mükellefler, proje ve uygulama aşamalarında aşağıda belirtilen belgeleri ilgili birimlere göndereceklerdir.
 
1. Ar-Ge Projesi İle İlgili Olarak İstenecek Belgeler
 
Ar-Ge indirimin uygulandığı ilk geçici vergi beyannamesinin verildiği tarihi takip eden ayın sonuna kadar, sürdürülen Ar-Ge faaliyetiyle ilgili olarak tebliğ ekindeki 1 numaralı ekte  yer alan formata uygun olarak hazırlanacak rapor, bir yazı ekinde Maliye Bakanlığına (Gelir İdaresi Başkanlığı) elden veya posta yoluyla gönderilecektir. Örneğin, Ar-Ge indiriminden 2. geçici vergi döneminde yararlanıldıysa ilgili yazı ve eklerin Eylül ayı sonuna kadar Maliye Bakanlığı’na gönderilmelidir.
 
Bakanlık, raporun genel değerlendirmesini yaptıktan sonra, projenin bilimsel olarak incelenerek münhasıran yeni bilgi ve teknoloji arayışına yönelik olup olmadığının tespit edilmesi amacıyla, projeyi Türkiye Bilimsel ve Teknik Araştırma Kurumu’na (TÜBİTAK) ve/veya üniversiteler ile araştırma yapılan konuda uzmanlaşmış kuruluşlara intikal ettirecektir. Mükellefe, proje bütçesinin % 0,3 ü oranında bir tutarı incelemeyi yapan kuruluşa ödenmesi için bir yazı gönderilecek, ancak bu tutar 15.000 YTL’nı aşmayacaktır.
Ar-Ge projesine ilişkin incelemeyi yapacak kuruluş, ihtiyaç duyması halinde ilave bilgi veya belgeleri de isteyerek, kendi uzmanları veya görevlendireceği başka kuruluşlara ait uzmanlar marifetiyle gerekli incelemeleri kısa sürede yaptıracak, Tebliğin 2 numaralı ekinde yer alan formata göre düzenlenen değerlendirme raporunun bir örneğini Gelirler İdaresi Başkanlığı’na ve başvuru sahibine gönderecektir. Para – Kredi ve Koordinasyon Kurulu Kararlarına istinaden uygulanan “Ar-Ge Yardımına” ilişkin mevzuat çerçevesinde TÜBİTAK tarafından daha önce incelemesi yapılmış olan projelerle ilgili olarak yeniden inceleme yapılmasına gerek bulunmamakta olup, bu projelerle ilgili olarak daha önce yazılmış olan raporlar TÜBİTAK tarafından Bakanlığa gönderilecektir.
 
2. Yıllık Gelir ve Kurumlar Vergisi Beyannamesi İle Birlikte İstenecek Belgeler
 
a) Yeminli Mali Müşavir Tasdik Raporu
 
Ar-Ge indirimi ile ilgili işlemler yeminli mali müşavirlerin tasdik edeceği konular kapsamına alınmıştır.
 
Ar-Ge indiriminden yararlanan mükelleflerin, yıllık gelir ve kurumlar vergisi beyannamesinde yararlanılan Ar-Ge indiriminin doğru hesaplandığı ve uygulandığına ilişkin YMM tasdik raporunu ilgili mevzuatta belirtilen süre içinde (Yıllık gelir veya kurumlar vergisi beyannamesinin son verilme tarihini takip eden iki ay içinde) bağlı bulundukları vergi dairelerine vermeleri gerekmektedir. Eğer kurumun yıllık gelir vergisi veya kurumlar vergisi beyanı hakkında tam tasdik raporu yazılmış ve Ar-Ge indirimine ilişkin hususlara bu raporda değinilmişse, Ar-Ge indirimine ilişkin olarak ayrıca bir kısmi tasdik raporu düzenlenmesine gerek bulunmamaktadır.
 
b) Tasdik Raporunda Yer Alması Gereken Hususlar
 
YMM tarafından yazılacak tasdik raporunda en azından aşağıdaki bilgilerin bulunması gerekmektedir;
 
- Tasdik raporuna eklenecek olan ve teknik kuruluşlarca düzenlenmiş olan “Ar-Ge Değerlendirme Raporunda” belirtilen projenin veya projelerin hangi aşamada bulunduğu, bu projelerin sonuçları ile uygulanma durumuna ilişkin mükellef kurumdan alınan bilgiler.
 
- Ar-Ge departmanına ilişkin mükellef kurumdan alınan bilgiler (yeri, hacmi, teknik donanımı ve varsa kullanılan diğer laboratuarlar vb. diğer hususlar).
 
- Ar-Ge indirimine konu olan harcamaların ana gruplar itibariyle dökümü (harcamaların ayrıntılı dökümüne rapor ekinde yer verilecektir).
 
- Dönem içinde Ar-Ge departmanında kullanılan ve Ar-Ge indirimine konu edilen sabit kıymetlere ilişkin liste ve bunlar için ayrılan amortismanlar tutarları.
 
- Dönem içinde alınan ilk madde, yarı mamul ve diğer sarf malzemeleri listesi, kullanım, iade, satış ve çıkan firelere ilişkin tutar ve miktar itibariyle bilgiler.
 
- Ar-Ge ünitesinde çalışanlar ve ücretleri (Ar-Ge indiriminden yararlanabilecek personelin listesi ve ilgili dönemde bunlara ödenen ve gider kaydı yapılan ödemelere ilişkin döküm).
 
- Dışarıdan alınan danışmanlık, ekspertiz ve benzeri hizmetlere ilişkin bilgiler (alınan kişi / kurum adı, vergi kimlik numarası, fatura tarih ve numarası, tutarı ve KDV’si).
 
- Geçici vergi dönemleri itibariyle uygulanan Ar-Ge indirimi tutarları.
 
- Uygulanması gereken Ar-Ge indiriminin hesaplanması.
 
VI. Diğer Hususlar
 
A. Yatırım İndirimi ve Ar-Ge İndiriminin Birlikte Uygulanması
 
Ar-Ge faaliyetlerinde kullanılan amortismana tabi iktisadi kıymetler için yatırım indiriminden yararlanılmış olması, Ar-Ge indiriminden yararlanılmasına engel teşkil etmemektedir.
 
Gelir Vergisi Kanunu’nun 19. maddesinde yer alan yatırım indirimi uygulaması 1.1.2006 tarihinden geçerli olmak üzere yürürlükten kaldırılmıştır.
 
Bununla birlikte, Gelir ve Kurumlar vergisi mükellefleri; 31.12.2005 tarihi itibariyle mevcut olup, 2005 yılı kazançlarından indiremedikleri yatırım indirimi istisnası tutarları ile;
 
a) 24.04.2003 tarihinden önce yapılan müracaatlara istinaden düzenlenen yatırım teşvik belgeleri kapsamında, Gelir Vergisi Kanununun 4842 sayılı kanunla yürürlükten kaldırılmadan önceki EK 1-6’ncı maddeleri çerçevesinde başlanılmış yatırımları için belge kapsamında 01.01.2006 tarihinden sonra yapacakları yatırımları,
 
b) Gelir Vergisi Kanununun bu Kanunla yürürlükten kaldırılmadan önceki 19 uncu maddesi kapsamında 01.01.2006 tarihinden önce başlanan yatırımlarla ilgili olarak yatırımla iktisadi ve teknik bakımdan bütünlük arzedip, bu tarihten sonra yapılan yatırımları,
 
nedeniyle, 31.12.2005 tarihinde yürürlükte bulunan mevzuat hükümlerine göre hesaplayacakları yatırım indirimi istisnası tutarlarını, yine bu tarihteki mevzuat hükümleri (Vergi Oranına İlişkin Hükümler dahil) çerçevesinde sadece 2006, 2007 ve 2008 yıllarına ait kazançlarından indirebileceklerdir.
 
Ar-Ge indiriminden yararlanacak kurumlar vergisi mükelleflerinin aynı zamanda yatırım indirimi istisnasından yararlanması halinde öncelikle Ar-Ge indirimi daha sonra da yatırım indirimi uygulanacaktır. Gelir vergisi mükellefleri ise Gelir Vergisi Beyannamesinin ekinde yer alan kazanç bildirimi bölümünde yatırım indirimini uyguladıktan sonra, beyannamenin gelir bildirimi bölümünde Ar-Ge indirimini uygulayacaklardır.
 
B. Teknokentlerde Yapılan Ar-Ge Harcamaları
 
5228 sayılı Kanunun gerekçesinde, Ar-Ge indirimine ilişkin yeni düzenlemenin, Ar-Ge faaliyetlerine yönelik olarak 4691 sayılı Teknoloji Bölgeleri Kanununda yer alan teşvik edici düzenlemenin bir tamamlayıcısı niteliğinde olduğu belirtilmiştir. Ar-Ge indirimi uygulaması açısından, Ar-Ge departmanının bulunduğu yerin önemi bulunmamaktadır. Firmanın faaliyet yeri olması şartıyla, gerek firma merkezinin bulunduğu yerde veya ayrı bir yerde, gerekse teknokentlerde kurulan Ar-Ge departmanlarında yapılan harcamalardan bu Tebliğde belirtilen kriterlere uyanlar Ar-Ge indirimi kapsamındadır.
 
Yürürlükten kalkan 5422 sayılı Kurumlar Vergisi Kanununun 8 inci maddesinin son fıkrasında “kurumların kurumlar vergisinden istisna edilen kazançlarına ilişkin ödemelerin kurum kazancından gider olarak indirilmesinin kabul edilemeyeceği” hüküm altına alınmış bulunmaktadır. 21.06.2006 tarihinde yürürlüğe giren yeni Kurumlar Vergisi Kanununda da istisnaların düzenlendiği 5. maddenin son fıkrasına “İştirak hisseleri alımıyla ilgili finansman giderleri hariç olmak üzere, kurumların kurumlar vergisinden istisna edilen kazançlarına ilişkin giderlerinin veya istisna kapsamındaki faaliyetlerinden doğan zararlarının, istisna dışı kurum kazancından indirilmesi kabul edilmez” hükmü yer almaktadır. Dolayısıyla, teknokentlerdeki Ar-Ge faaliyetlerinden bir kazanç doğması ve bu kazançla ilgili olarak 4691 sayılı Teknoloji Geliştirme Bölgeleri Kanununun Geçici 2’nci maddesinde öngörülen istisnadan yararlanılacak olması durumunda, istisna uygulanacak kazancın elde edilmesine yönelik olarak yapılan harcamalar Ar-Ge indirimi kapsamında değerlendirilmeyecektir. Diğer bir ifadeyle, kazancına istisna uygulanacak Ar-Ge faaliyetleri için yapılan harcamaların Ar-Ge indiriminden yararlanması söz konusu değildir. Ancak, teknokentlerde yürütülen Ar-Ge faaliyetlerinin işletmenin kendi faaliyetiyle ilgili olması ve 4691 sayılı Kanunla öngörülen istisnaya konu olmaması durumunda, bu tür harcamalar Ar-Ge indirimi kapsamında değerlendirilecektir. Teknokentlerde yürütülen ve Ar-Ge indiriminden yararlanılan proje sonucunda elde edilen ürünün veya hakkın satılması durumunda, giderleri diğer kazançlardan indirim konusu yapılmış olan bu proje dolayısıyla elde edilen kazançla ilgili olarak 4691 sayılı Teknoloji Geliştirme Bölgeleri Kanununun Geçici 2’nci maddesinde öngörülen istisnadan yararlanılması söz konusu olmayacaktır.
 
C. Diğer Kurumlardan Sağlanan Ar-Ge Destekleri
 
94/6401 sayılı İhracata Yönelik Devlet Yardımları Kararı çerçevesinde Para – Kredi Koordinasyon Kurulunun 9/9/1998 tarih ve 98/16 sayılı Kararına istinaden yayımlanan 98/10 sayılı Araştırma – Geliştirme (Ar-Ge) Yardımına İlişkin Tebliğ çerçevesinde Dış Ticaret Müsteşarlığı tarafından, sanayi kuruluşlarının uzman kurumlar tarafından Ar-Ge niteliğine sahip olduğu tespit edilen projeleri kapsamında izlenip değerlendirilebilen giderlerinin belli bir oranının hibe şeklinde karşılanmakta veya bu projelere geri ödeme koşuluyla sermaye desteği sağlanmaktadır.
 
Yukarıda belirtilen mevzuat çerçevesinde hibe şeklinde sağlanan destek tutarları ile diğer kurumlardan bu mahiyette sağlanacak her türlü destek tutarları ticari kazancın bir unsuru olarak kazanca dahil edilecektir. Maliyetleri sağlanan bu tür desteklerle karşılanan Ar-Ge harcamaları da, Ar-Ge indiriminin hesabında dikkate alınacaktır. Geri ödeme koşuluyla alınan sermaye destekleri ise borç mahiyetinde olduğundan yıllık kazancın tespitinde dikkate alınamayacaktır.
 
D. Ar-Ge İndiriminden Yararlanılan Kazancın Dağıtılması
 
Gelir Vergisi Kanununun 94/6-b alt bendinde yapılan vergi tevkifatı karın dağıtılması aşamasına bırakılmış olduğundan, Ar-Ge indirimi nedeniyle kurumlar vergisi matrahına dahil edilmeyen kazancın dağıtılması durumunda, dağıtılan kazançlar %15 (2006/10731 sayılı Bakanlar Kurulu Kararı ile 23/07/2006 tarihinden geçerli olmak üzere %10’dan %15’e yükseltilmiştir) oranında gelir vergisi tevkifatına tabidir.